Głównymi bohaterami serialu są Storm, Phoenix, Cyclops, Wolverine, Rogue, Gambit, Beast i Jubilee. Grupa operuje pod przewodnictwem Profesora X i są powszechnie znani jako "X-Men". To mutanci dysponujący wyjątkowymi mocami, ale stoją po stronie dobra, starając się doprowadzić do koegzystencji ludzi i mutantów na Ziemi. Przeciwnego zdania jest Magneto i jego grupa, którzy dążą do unicestwienia ludzkości, gdyż uznają ich za gatunek wymierający, w miejsce którego pojawią się właśnie mutanci.