Trzeci sezon „Miasta na wzgórzu” przenosi nas do bostońskiej dzielnicy Beacon Hill. Po odejściu z FBI Jackie Rohr (Bacon) dostaje nową posadę jako ochroniarz bogatej rodziny. Bohaterowi wiedzie się dobrze do czasu, gdy na światło dzienne zaczynają wychodzić pewne tajemnice. Kiedy rozpoczyna się śledztwo, prokurator Decourcy Ward (Hodge) dostrzega szansę, by wreszcie rozprawić się z machiną, która utrwala zepsuty system sądownictwa karnego.

Siobhan Quays, reprezentująca pracownika budowlanego, który został ciężko ranny podczas projektu Big Dig, na własnej skórze przekonuje się o korupcji panującej w mieście. Jednocześnie kobieta próbuje radzić sobie z traumatycznymi wydarzeniami z minionego roku. Jenny Rohr może potwierdzić, że niektóre doświadczenia — biorąc pod uwagę jej historię z ojcem — potrafią prześladować do granic wytrzymałości.